1818年10月18日普鲁士国王弗里德里希·威廉三世建立了波恩大学。这所大学位于北莱茵-威斯特法伦州，是一所以文科为主的大学,尤以语言文化,法律经济为最。大学成立之初正值德国理想主义和启蒙运动时期，威廉·洪堡的普鲁士文化政策对这所新成立的大学产生了深远影响。

    二战开始后，波恩大学的学术研究工作经历了一个低谷时期，纳粹的“一体化政策”迫使许多教授和学生离开学校，因为他们是犹太人或者与当权者的政治见解不同。1944年盟军的一次空袭使波恩市的老城区和波恩大学的主教学楼都变成了灰烬。

    二战结束后,波恩大学开始了重建工作。德国政府定都波恩使得波恩大学加强了和欧洲及其它国家教研机构的合作。迁都柏林的决定更催生了3个国际性研究中心：应用科学和高科技研究中心,欧洲一体化研究中心,南北发展研究中心。这3个中心的研究和周边的科隆大学,亚琛大学等紧密合作。另外值得一提的是波恩大学的数学在德国的地位很高,它建有德国第一个马克-普朗克数学研究所。波恩大学的现在的主楼位于城中心的城堡内,其教研机构分布于波恩城内各处。